特派办根据审计署的授权，根据法令和法规和审计署的规则，实行下列责任：审计省级人民政府的预算执行状况、决算和其他财务收支，中心财务搬运付出资金；审计海关总署、国家税务总局等中心单位驻当地分支机构或派出机构的预算执行状况和其他财务收支状况；审计中国人民银行、国家外汇办理局驻当地分支机构的财务收支；审计中心所属驻当地的事业单位和社会团体的财务收支；审计中心出资和以中心出资为主的建设项目的预算执行状况和决算；审计中心国有企业、中心国有资本占控股位置或主导位置的企业的财物、负债和损益；审计中心金融机构、中心国有资本占控股位置或主导位置的金融机构驻当地分支机构的财物、负债和损益；审计省级人民政府办理和其他单位受国务院及其部分托付办理的社会保障基金、社会捐献资金及其他有关基金、资金的财务收支；审计国际组织和外国政府帮助、借款项目的财务收支；对国家财经法令、法规、规章、方针和宏观调控办法执行状况、财务预算办理或国有财物办理运用等与国家财务收支有关的特定事项做专项审计查询；承办审计署交办的其他事项。

  设14个内设处室：办公室、法规审理处、财务审计处、税收征管审计处、行政事业审计处、农业审计处、资源环保审计处、固定财物出资审计处、金融审计处、企业审计处、社会保障审计处、计算机审计处、人事教育处、机关党委。